!! Attention !!
Cette section contient des spoilers.
| Sexe : masculin | Taille : 6 pieds 5 pouces |
| Année de naissance : 1934 | Poid : 190 livres |
| Lieu de naissance : Chicago, Illinois | Couleur des yeux : noisette |
| Nationalité : américain | Couleur des cheveux : blanc |
| Présence : | Syphon Filter 1 |
| Syphon Filter 2 |
Jonathan Phagan débute comme chimiste chez Zyzon en 1965. Il se joint ensuite aux industries Wyn desquels il devient en peu de temps le vice-président. En 1992, il fonde les industries Pharcom et développe des liens étroits avec les dirigeants de l'Agence. C'est dans ses laboratoires qu'est développé le virus Syphon Filter. Grâce au musée qu'il construit à New York, son entreprise détient une licence permettant l'exportation de cargaisons classés « artéfacts » sans qu'ils soient inspectés aux frontière, ce qui lui donne l'opportunité de transférer des corps infectés au virus ou tout autre cargaison bio-chimique partout dans le monde sans soulever le moindre soupçon.
Lorsque l'affaire Syphon Filter se complique et devient plus dangereuse pour lui, il décide de ne plus y particuper, ce qui lui vaut d'être emprisonné dans les catacomes de la cathédrale de Rhoemer. Il est alors secouru Gabriel Logan qui venait libérer sa partenaire Lian Xing, elle aussi détenue à cet endroit. Phagan décide donc de collaborer avec eux, mais se fait tirer une balle dans la tête par Mara Aramov alors qu'ils tentent de rejoindre la surface.
Maintenu en vie dans un coma végétatif par l'Agence sur la base MacKenzie, il est finalement débranché par Falkan qui a l'ordre d'éliminer les traces dans l'affaire Syphon Filter.
